Έφεση ως προς το αθωωτικό σκέλος της απόφασης, τόσο για τον πατέρα Αντώνιο όσο και για τους υπόλοιπους κατηγορούμενους, με το σκεπτικό ότι αυτό προέκυψαν «κατά εσφαλμένη εκτίμηση του αποδεικτικού υλικού» από το Τριμελές Πλημμελειοδικείο της Αθήνας, άσκησε η Eισαγγελέας Αγγελική Τριανταφύλλου.
Σύμφωνα με πληροφορίες, η εισαγγελική λειτουργός επισημαίνει ότι από τα στοιχεία και τις μαρτυρίες της αποδεικτικής διαδικασίας προέκυψε ξεκάθαρα ότι τα παιδιά που φιλοξενούνταν σε δομές της Κιβωτού του Κόσμου υπήρξαν θύματα καταναγκαστικής εργασίας και μάλιστα σε ακραίες συνθήκες, με βαριές γεωργικές δουλειές, ακόμη και με χρήση επικίνδυνων εργαλείων, για πολλές ώρες, ανεξαρτήτως ηλικίας.
Οι σκληρές εργασίες, όπως αναφέρει η Eισαγγελέας, αμείβονταν με κουπόνια τα οποία είχαν ελάχιστο αντίτιμο. Εκείνοι, δε, που δεν παρουσίαζαν καλές επιδόσεις, εξαναγκάζονταν σε εντονότερη εργασία από τους άλλους. Κι όλα αυτά σε βάρος της εκπαίδευσης τους. Η Εισαγγελέας τονίζει ότι: «Προφανώς κάτι τέτοιο ενισχύει τα στοιχεία ιδρυματισμού και της αποκοπής των παιδιών σε πρόσβαση σε ουσιαστικές δεξιότητες».
Αναφέρει μάλιστα ότι η γεωργική σχολή της Κιβωτού ήταν «όχι απλώς άτυπη… δεν ήταν καν σχολή, αλλά απλό πρόσχημα που διευκόλυνε στο να αποκρύπτεται και να δικαιολογείται η υπαγωγή των παιδιών συλλήβδην, και χωρίς καν να ερωτηθούν, στο καθεστώς αναγκαστικής και εξαντλητικής εργασίας».
Ως προς την απαλλαγή των κατηγορουμένων για τις κατηγορίες που αφορούν σε απομόνωση τεσσάρων παιδιών, η Εισαγγελέας εκτιμά ότι από την ακροαματική διαδικασία προέκυψε πως «η απομόνωση αποτελούσε μέτρο σωφρονισμού της δομής».
Η Εισαγγελέας στην έφεση της καταλήγει: «Οι κατηγορούμενοι τέλεσαν τις αποδιδόμενες σε αυτούς πράξεις, για τις οποίες απαλλάχθηκαν και κατά συνέπεια έπρεπε να κηρυχτούν ένοχοι και να καταδικαστούν στην ανάλογη ποινή».
Υπενθυμίζεται ότι το δικαστήριο καταδίκασε τον πατέρα Αντώνιο σε ποινή 51 μηνών μετατρέψιμη προς 10 ευρώ ημερησίως, και με αναστολή στην έφεση για δύο πράξεις βαριάς σωματικής βλάβης ανηλίκων, που βρίσκονταν υπό την προστασία του δράστη, ηθική αυτουργία σε επικίνδυνη σωματική βλάβη ανηλίκου, ηθική αυτουργία σε απλή σωματική βλάβη και ηθική αυτουργία σε απειλή.