Δίωξη άσκησε η Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθηνών για τα αδικήματα της απιστίας και της υπεξαίρεσης με φυσικό αυτουργό την πρεσβυτέρα και ηθικό αυτουργό τον πατέρα Αντώνιο, ενώ αμφότεροι κατηγορούνται για ξέπλυμα βρώμικου χρήματος. Ο εισαγγελέας Πρωτοδικών Ι. Σέβης, ύστερα από έρευνα διάρκειας περίπου ενός έτους, έκρινε ότι υπάρχουν επαρκείς ενδείξεις ώστε να απαγγελθούν κατηγορίες σε βαθμό κακουργήματος τόσο εις βάρος του ιδρυτή της «Κιβωτού» όσο και κατά της πρεσβυτέρας, Σταματίας Γεωργαντή.
Σύμφωνα με πληροφορίες, σε ό,τι αφορά την απιστία, διαπιστώθηκαν αναιτιολόγητες δαπάνες άνω των 190.000 ευρώ που σχετίζονται με την αγορά από το ζεύγος ενός ακινήτου στην Πωγωνιανή και τις επισκευές του. Επίσης, παρατηρήθηκαν εκταμιεύσεις 2 εκατ. ευρώ από τα ταμεία της «Κιβωτού», για τα οποία δεν υπάρχουν παραστατικά. Κατά τις εισαγγελικές αρχές, τα χρήματα αυτά εκταμιεύτηκαν για άλλους σκοπούς από αυτούς που υπηρετεί η Οργάνωση.
Το αδίκημα της υπεξαίρεσης συνίσταται στα χρήματα και τιμαλφή ύψους περίπου 470.000 ευρώ που βρέθηκαν στο διαμέρισμα της οργάνωσης που χρησιμοποιούσε ο πατέρας Αντώνιος, καθώς και τα χρήματα, τα κοσμήματα και τις χρυσές λίρες που εντοπίστηκαν σε θυρίδες αλλά και 300.000 ευρώ που λείπουν από τα διαθέσιμα της οργάνωσης.
Για την ίδια υπόθεση, ποινική δίωξη ασκήθηκε και σε δύο πρόσωπα του περιβάλλοντος του ζευγαριού. Συγκεκριμένα πρόκειται για πρώην εργαζόμενο στη ΜΚΟ και συγγενικό τους πρόσωπο. Το αδίκημα που τους αποδίδεται είναι αυτό της συνέργειας σε πλημμεληματική υπεξαίρεση, καθώς διαπιστώθηκε ότι ένα μέρος του μισθού του υπαλλήλου ύψους 30.000 ευρώ φαίνεται πως «γύριζε» στην Κιβωτό του Κόσμου ενώ στη θυρίδα του συγγενικού προσώπου του ιερέα και της πρεσβυτέρας, σε νησί του Αιγαίου εντοπίστηκε ποσό ύψους 57.000 ευρώ.
Η δικογραφία διαβιβάζεται σε ανακριτή, ο οποίος θα καλέσει σε απολογία τον πατέρα Αντώνιο και την πρεσβυτέρα.
Υπενθυμίζεται ότι κατά τη διάρκεια της προκαταρκτικής εξέτασης ο πατέρας Αντώνιος και η πρεσβυτέρα έδωσαν εξηγήσεις με την ιδιότητα των υπόπτων και αρνήθηκαν τις κακουργηματικές κατηγορίες που τους αποδίδονται χωρίς όμως οι απαντήσεις τους να πείσουν τον Εισαγγελέα.